三曲合奏が行なわれる曲は「三曲」の中でも地歌曲（三味線組歌を除く）が多いほか、箏曲（段もの、及び山田流箏曲の歌もの、段もの）、まれに胡弓本曲（「岡康砧」など）がある。当然「三曲」の範囲内で行なわれるので、地歌以外の三味線音楽では、三曲合奏はまずほとんど行なわない。長唄曲に「三曲糸の調」や「三曲松竹梅」があるが、これは三曲を指し、つまり三種の楽器を詠んだもので、三曲合奏の意味ではない。また三曲合奏が行なわれるわけでもない。地歌曲の「三つ恋慕」も同様な趣向の曲であるが、こちらは地歌なので三曲合奏が行なわれる。また三曲に属する箏曲の中でも、筑紫箏、及び八橋流箏曲は三曲合奏以前の音楽を伝えているので、まったく他楽器との合奏を行なわない。
地歌曲の場合は、多くは元の三味線パートに後に箏や胡弓のパートが付けられた。後から付けられるパートは流派によって異なっている場合が多い。楽器編成は古くは三弦、箏、胡弓の組み合わせが一般的であったが、箏、胡弓、尺八といった組み合わせの三曲合奏も行なわれた。胡弓の代わりに尺八が加わることも江戸時代後半から行なわれていたが、明治初年に虚無僧制度が廃止されて以降、尺八が積極的に三曲合奏に進出し、今日では胡弓よりも尺八が加わる方が圧倒的に多くなった。ただし胡弓入りの三曲合奏がなくなったわけではなく、現在でも各地で行なわれ、特に名古屋では比較的盛んであるし、また山田流箏曲に藤植流の胡弓が加わり三曲合奏されることもある。歌のある曲の場合は、三味線，箏の奏者が弾きながら唄う。
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三曲合奏を人体になぞらえて、三味線は骨、箏は肉、胡弓、尺八は皮にたとえられることがある。通常、胡弓と尺八は持続音楽器として同じ働きをするので互換性が強く、三味線、箏、胡弓か、三味線、箏、尺八の編成が普通である。ただし、一般的ではないが箏、胡弓、尺八と言った組み合わせも可能である。